【新品发布】汇健科技空间单细胞蛋白组学Spatial Single Cell Proteomics (SSCP)
日期:2025-05-20
来源:汇健科技
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空间蛋白组学突破了传统蛋白组学对整个组织中蛋白质“平均化”分析的局限,实现了蛋白质在组织的不同空间结构上的精准定位与差异化定量,解析生物样本中蛋白质的空间分布、表达水平及相互作用。目前空间蛋白质组学多采用抗体检测的技术路线,单次只能靶向检测几十个蛋白靶标。而基于高性能质谱平台的无偏空间蛋白组学检测技术,能够在无需提供靶标蛋白质和抗体的情况下,全面地分析组织各个空间区域中的蛋白质组信息,去偏向性地获取数千种蛋白质的空间信息。
传统单细胞蛋白组学、空间蛋白组学存在以下弱点:1、单细胞蛋白组学是在单细胞水平上对蛋白质的表达、结构、功能及其相互作用进行检测分析,但不具备空间信息。2、基于HE染色的LCM空间蛋白组学能够在组织空间位置上切割不同的细胞团,进行后续的组学检测,但无法精准分离不同类型的细胞。汇健科技推出的SCCP空间单细胞蛋白组学技术将免疫荧光技术、激光显微切割技术(LCM)、单细胞质谱检测技术相结合,基于高性能质谱平台的无偏空间蛋白组学检测技术实现了在一个组织切片中对不同类型细胞的可视化分离,并提供非靶向的大规模蛋白组学空间信息。
SCCP空间单细胞蛋白组学技术实验流程包括组织切片、免疫荧光、激光显微切割、样本预处理、质谱检测、数据分析:
1、细胞级分辨率
免疫荧光&LCM显微切割,可精准识别、捕获不同的细胞类型,并具备空间信息
2、高灵敏度
timsTOF Ultra/SCP平台,4D蛋白组学,采用第四代TIMS-XR分析器,更快的采集速度,更宽的动态范围
3、AI组学分析
AI方法分析组学大数据,创新质控方法,有效降低批间差异
4、提供整套方案设计
①疾病组织微环境研究
Clinical functional proteomics of intercellular signalling in pancreatic cancer[J]. Nature, 2025, 637(8046): 726-735
该研究聚焦胰腺导管腺癌(PDAC)的肿瘤微环境(TME)深度分析 100 例人类胰腺组织的糖基化分泌蛋白和质膜蛋白组,鉴定出 2,741 个 S-PM 蛋白及 1,724 对配体 - 受体互作。揭示基质细胞与癌细胞间的 PDGFR-PTPN11-FOS 信号轴及AXL 受体胞外域的基质金属蛋白酶(MMP)介导脱落机制,发现脱落 AXL(sAXL)水平与淋巴结转移相关,且抑制 AXL 脱落及其激酶活性可协同抑制肿瘤生长,为 PDAC 的精准诊疗提供了新靶点和生物标志物。
②肿瘤异质性研究
Deep Visual Proteomics defines single-cell identity and heterogeneity[J]. Nature Biotechnology, 2022, 40(8): 1231-1240
深度视觉蛋白质组学(DVP)技术结合人工智能驱动的图像分析、单细胞激光显微切割及超灵敏质谱,将蛋白质丰度与细胞表型相联系,并保留空间信息。研究人员利用该技术在细胞系、唾液腺癌细胞和黑色素瘤组织样本中进行分析,发现了细胞间的蛋白质组差异,如在黑色素瘤进展过程中,不同阶段的细胞在免疫反应、代谢和 mRNA 剪接等方面存在变化,这为理解疾病机制和开发治疗靶点提供了依据。
③药物靶点发现及分子机制
Spatial proteomics identifies JAKi as treatment for a lethal skin disease[J]. Nature, 2024: 1-9
本研究分析了不同严重程度的皮肤药物反应的存档皮肤组织活检样本。TEN 患者的免疫细胞和角质形成细胞中 I 型和 II 型干扰素特征显著富集,同时磷酸化 STAT1 被激活。揭示了 JAK/STAT 和干扰素信号通路是 TEN 的关键致病驱动因素,并证明了靶向 JAKi 作为一种治愈性疗法的潜力。
④空间蛋白质图谱与标志物研究
Spatially resolved proteomic map shows that extracellular matrix regulates epidermal growth[J]. Nature communications, 2022, 13(1): 4012
本研究原位分析了正常天然皮肤组织或皮肤病组织中不同结构的特定功能。基底膜中的一种细胞外基质糖蛋白- 转化生长因子 -β(TGFβ)诱导蛋白 ig-h3(TGFBI),能够增强表皮干细胞的生长和功能,并促进伤口愈合。揭示了细胞外基质蛋白作为重要微环境的一部分,促进表皮干细胞生长和功能的机制。这些结果可能为未来涉及表皮细胞功能障碍和再上皮化阻滞的皮肤溃疡或难治性病变的临床治疗提供帮助。
⑤多组学联合研究
Spatial multiomics reveals a subpopulation of fibroblasts associated with cancer stemness in human hepatocellular carcinoma[J]. Genome Medicine, 2024, 16(1): 98
研究通过空间多组学技术(蛋白质组学、空间转录组学、多重成像)分析肝癌微环境,鉴定出一种新型癌症相关成纤维细胞亚群 F5-CAF,其标记基因为 COL1A2、COL4A1、COL4A2、CTGF、FSTL1 ,主要分布在肿瘤巢内及周围,与肝癌干细胞(EpCAM+)共定位,促进肿瘤细胞增殖和干性,并与患者预后不良相关。体外实验证实 F5-CAF 通过分泌因子和细胞间接触增强肝癌细胞干性,其机制涉及 NOTCH 和 TGF-β 信号通路。该研究揭示了 F5-CAF 在肝癌进展中的关键作用,为靶向治疗提供了新方向。
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